一、税率与征收比例
根据《中华人民共和国印花税法》附件《印花税税目税率表》规定，房屋租赁合同（协议）属于“租赁合同”税目，应按合同所列租金总额的千分之一（即税率为0.1%）计算缴纳印花税。应纳税额计算公式为：应纳税额 = 租赁合同租金总额 × 0.1%。
二、纳税义务人与征税范围
书立房屋租赁合同的双方（即出租方与承租方）均为印花税的纳税义务人，应各自就所持合同副本全额计算缴纳印花税。但若房屋租赁合同在《印花税法》所附《免征印花税凭证清单》范围内（如个人承租用于居住的住房租赁合同），则免征印花税。具体执行中，部分地区为促进住房租赁市场发展，可能对特定主体（如企业出租保障性租赁住房）出台免税政策，需以当地税务机关规定为准。
三、缴纳方式与注意事项
1. 缴纳方式：印花税可按次计征或按期汇总缴纳。个人或业务量少的单位通常按次申报缴纳；书立合同频繁且金额较大的纳税人可申请按期汇总缴纳。
2. 计税依据：以合同载明的租金金额为准。若合同金额存在增减变动，增加金额需补缴印花税；已缴纳印花税的合同修改后金额减少的，已纳税款不予退还。
3. 贴花与申报：目前主要实行纳税申报方式，缴纳税款后税务机关出具完税凭证，无需再粘贴印花。纳税人需在书立应税合同的首个纳税申报期或应税行为发生时完成申报缴纳。
4. 未缴处罚：未按规定缴纳印花税的，税务机关除责令限期缴纳外，可能从滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金，并视情节处以应补税款50%以上5倍以下的罚款。
四、常见问题解析
1. 口头协议或未列明租金：若租赁合同未采用书面形式或未明确租金金额，税务机关可能参照市场价格核定计税依据。
2. 长期租赁合同：租赁期限跨年且约定总租金的，应按合同总租金一次性缴纳印花税；若合同未约定总租金，可先按定额5元贴花，结算时再按实际金额补贴。
3. 合同终止或解除：已缴纳的印花税不予退还，因合同纠纷导致的租金变更也不办理退税。
4. 电子合同：通过电子通信方式订立的房屋租赁合同，属于印花税应税凭证，需按规定缴纳印花税。