中国在水体污染治理上取得了明显进展，但深层挑战依然突出。工业点源污染得到了较大力度的管控，城镇污水处理率显著提升，然而农业面源污染随着化肥农药的过度使用已成为主要污染源，其分散性、隐蔽性让治理难度加大。城市地区污水收集管网存在缺口，特别是老旧城区和城乡结合部的“毛细血管”不完善，导致部分生活污水直排。农村地区污水处理设施覆盖率和管理水平仍待提高。
水体黑臭现象在部分城市内河涌反复出现，根源在于岸上的污染排放未能彻底截断，加上生态基流不足，水体自净能力丧失。地下水污染问题因其隐蔽性和修复的极高成本，构成了长期且严峻的威胁。跨行政区流域治理中，地方保护主义导致协调机制不畅、责任难以落实，上下游之间的利益博弈影响了治理整体效果。环保法规体系虽已建立，但在基层执行层面存在监管力量不足、违法成本偏低的问题，部分企业存在偷排漏排行为。
治理技术层面，对于复杂的新型污染物和难降解工业废水，高效低成本的深度处理技术储备仍有不足。资金投入主要依赖，市场化和多元化的投融资机制尚未完全激活，可持续的运营模式有待探索。公众虽环保意识增强，但转化为广泛的节水减排和绿色生活实践仍需时日。
面对挑战，治理对策需多管齐下。在监管上必须强化刚性约束，利用卫星遥感、无人机、在线监测等科技手段构建“天地一体”的监控网络，大幅提高违法成本，让执法“长牙齿”。农业面源治理要推广测土配方施肥、生态沟渠、生态拦截等综合治理模式，发展生态农业。基础设施短板需加快补齐，推进污水管网全覆盖和雨污分流改造，并保障农村污水处理设施“建得起、用得好、管得长”。
流域治理要真正落实河湖长制，强化跨省跨市协调，实施基于流域生态承载力的排污总量控制。技术上鼓励研发与推广高效低耗的废水处理、水体生态修复及资源化利用技术。资金方面需创新机制，通过价格、税收政策引导社会资本进入，建立污水处理费动态调整机制。持续推动公众参与，保障知情权和监督权，将绿色生活方式转化为内在行动。水体污染治理是系统性工程，需要坚持不懈、精准发力。