2007年12月1日，国务院批准了《中华人民共和国耕地占用税暂行条例》（修订案），新条例自2008年1月1日起施行，取代了已实施20年的1987年版条例。这次修订是国家应对严峻耕地保护形势、运用税收工具加强宏观调控的重要举措，其核心亮点主要体现在四个方面。
大幅提高税额标准是此次修订最直接的变化。新条例将原条例规定的税额标准上、下限普遍提高了4倍左右。例如，原条例规定人均耕地1亩以下的地区，每平方米税额为2至10元，新条例则提高到10至50元。这一调整主要基于两大经济现实：一是物价上涨因素，2006年居民消费价格指数比1987年上涨了2.2倍；二是地价飙升，抽样调查显示2006年平均地价水平比1987年上涨了6倍多。由于地价飞涨，耕地占用税在用地成本中的占比从1987年的20%左右骤降到2006年全国40个重点城市均不到1%，税负水平实际大幅下降，削弱了其调节功能。提高税额旨在恢复1987年的实际税负水平，重新发挥保护耕地、抑制盲目占地的政策效力。为突出对优质耕地的保护，新条例增设了特别条款，规定占用基本农田的，适用税额需在当地适用税额的基础上再提高50%。
统一内外资企业税收负担，体现了税收公平原则。原条例因历史原因规定不适用于外商投资企业。随着我国经济高速发展，耕地保护形势日益严峻，继续对外资企业免税，既不公平，也削弱了税收的整体调控效果。新条例明确将“外商投资企业、外国企业”纳入纳税人范围，结束了内外资企业在耕地占用税上的差别待遇，营造了公平的市场竞争环境。
从严规定和统一减免税项目，规范了税收优惠政策。新条例取消了对铁路线路、飞机场跑道、停机坪、库占地原有的免税规定。考虑到基础设施建设的特殊性，条例采取了更为统一和平衡的处理方式：规定铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道占用耕地，统一减按每平方米2元的税额征收。授权国务院可根据实际需要，在履行程序后对上述情形决定进一步的免征或减征，使政策兼具统一性和灵活性。
在征收管理方面与上位法接轨，强化了执法刚性。原条例中关于滞纳金加收率（每日千分之五）等规定，与后来颁布的《税收征收管理法》（规定为万分之五）不一致。新条例删除了自身与税收征管法相冲突的具体征管规定，明确耕地占用税的征收管理适用《中华人民共和国税收征收管理法》，解决了法律适用矛盾，提升了征管的规范性和权威性。
此次修订的背景是深切的耕地保护危机。1997年至2006年，我国耕地面积从19.51亿亩减少到18.27亿亩，人均耕地面积降至1.39亩。修订案正是落实2006年中央一号文件“提高耕地占用税税率”和党的十七大“严格保护耕地”精神的具体行动，旨在通过税收经济杠杆，守住18亿亩耕地红线，同时将新增税收更多地用于支持“三农”建设。