先说核心区别：全国卷是国家教育部考试中心统一命题，全国几十个省用同一套题；自主命题卷是北京、上海这些地方，自己出题给自己考生考。简单说，一个全国统一考卷，一个地方自己出题自己考。
再戳几个坑点：
1. 难度和风格不一样：全国卷更注重考察基础知识和综合运用，题目相对“正”，想靠刷偏题怪题拿高分难。自主命题卷（尤其是北京、上海）有时候会出得更“活”更“新”，跟本地教学特色结合更紧，比如上海卷英语的难度和题型一直比较独特。
2. 分数线没有直接可比性：因为卷子不同、总分不同（比如江苏总分480，浙江总分810）、阅卷尺度也不同，所以看“哪个地方的一本线高”来判断卷子难易纯属外行。比如2016年，江苏文科一本355分（总分480），看着低，但换算成750分制并不低。
3. 对复习的影响巨大：用全国卷的省份，考生必须吃透全国卷的命题思路和历年真题，光看本省往年考题可能跑偏。用自主命题卷的，要紧跟本省教研风向和模拟题，因为外省的卷子参考价值有限。
4. “含金量”是伪命题：没有哪种卷子更“高级”或“低人一等”的说法。高校录取是省内竞争，你的对手都考同一张卷子。关键在于你在使用同一种卷子的考生里排第几，而不是你做的卷子本身有多难。纠结这个不如多刷两道题。
最后给点干货（2016年数据举例）：
全国卷Ⅰ（又叫新课标一卷/乙卷）：河南、河北、山西、江西、湖北、湖南、广东、安徽、福建、山东（综合+英语）用。2016年这些省的理科一本线在465分（福建）到537分（山东）之间浮动，文科在501分（福建）到535分（河北）之间。规律：用同一套卷子，各省分数线差异很大，说明考生水平和招生计划才是决定因素。
全国卷Ⅱ（新课标二卷/甲卷）：甘肃、青海、黑龙江、吉林、辽宁、宁夏、新疆、内蒙古、陕西、重庆、海南（语数英）用。2016年理科一本线最低416分（青海），最高531分（吉林）；文科最低457分（青海），最高531分（吉林）。规律同上：卷子一样，分数线天差地别。
全国卷Ⅲ（新课标三卷/丙卷）：广西、贵州、云南、四川（语文）用。2016年文科一本线545分（广西）到560分（云南），理科473分（贵州）到540分（四川）。
自主命题卷：北京、天津、上海、江苏、浙江全部科目自己出。山东（语数）、广东（英语听说）、四川（2016年除语文外）、海南（政史地理化生）是“半自主”，部分科目用全国卷。看分数线要特别注意总分：上海总分600，本科线文368理360；江苏总分480，一本线文355理353；浙江总分810，一本线文603理600。直接比数字会闹笑话。