物理：难度下降但题目出新，对建模能力要求高。
根据厦门一中物理教研组组长点评，2011年福建理综物理试题难度相比去年略有下降。但部分题目是“陈题出新”，对科学思维方法和运用数学知识解决物理问题的能力有较高要求，尤其注重在新情景下对实际问题的建模。另有分析指出，选择题题型由原来的“不定项选择”调整为“单项选择”，旨在引导教学重视物理过程分析和综合解决问题能力。
化学：简单计算有要求，实验探究题难度加大。
厦门一中化学备课组组长评价化学卷“情景易于理解、设问明确”、“入题容易，答题有门”。试卷对考生的简单计算能力有一定要求，试题中大小计算有8处。但也有观点认为，最后三道大题（实验探究、工业生产、有机合成）道道压轴，考查复杂信息推断，对化学科学素养要求极高。
生物：综合度强，图表分析与绘制能力是难点。
厦门一中生物备课组组长指出试题难度适中，但综合度强，选择题不只考查单一知识点。试卷结构有所创新，重视实验与探究能力和图表分析与绘制能力的考查。例如生物卷共出现5张图表，第27题要求学生绘制“基因在染色体上的位置”图。
整体难度：适中但有提高，部分题被吐槽“难”和“怪”。
官方公布的理科综合考试说明显示，全卷难度值为0.6左右。有考生回忆称，当年理综试题被戏称为“生化危机”，有人出考场后痛哭，网上出现“明年再来”等发泄文字。难点被归结为出现了“怪”题或“部分超纲”题。例如，物理部分对电场和磁场的考查，尤其是数形结合——对于图像的物理意义的理解，难住了多数考生。化学的最后三道大题被形容为“意料之外”，充分考察了化学科学素养。生物部分有道题更是生物竞赛的改编题目。