1. 1902-1912：三江、两江优级师范学堂
1902年，刘坤一张之洞他们弄的，就是学校最老的根。1906年改名“两江优级师范学堂”，1912年停办。
2. 1915-1923：南京高等师范学校
1914年开始在两江原址上筹建，1915年正式开学，是中国最早的六大国立高师之一。
3. 1921-1927：国立东南大学
1921年在南高师基础上创建，是当时国内少数国立大学之一，也是“东南大学”这个名字第一次正式登上历史舞台。现在校庆日6月6日就取自它。
4. 1927-1928.2：国立第四中山大学
1927年搞大学区制，把国立东南大学跟江苏一堆公立学校（像河海工科大学、江苏医科大学等）打包合并，取名第四中山大学。
5. 1928.2-1928.4：江苏大学
就干了不到两个月，因为“中山大学”太多搞混了，改名江苏大学，结果师生不乐意，闹起风潮。
6. 1928-1949：国立中央大学
1928年4月改叫这个名，一直到解放前，这是学校历史上最鼎盛的时期之一。
7. 1949-1952：国立南京大学 / 南京大学
解放后改名国立南京大学，后来去掉“国立”就叫南京大学。
8. 1952-1988：南京工学院
1952年全国院系大调整，以原南京大学工学院为主体，合并了金陵大学、复旦、交大等校的工科系，在中央大学原址成立南京工学院，这就是现在东南大学的直接前身。
9. 1988年至今：东南大学
1988年5月，南京工学院正式复更名为东南大学。2000年又合并了南京铁道医学院、南京交通高等专科学校等，组建了新的东南大学。