文科二本线比理科二本线高，原因就三点：
1. 招生计划和报考人数不匹配：那年理科考生大概2.8万，人数减少，所以分数线被拉低了。招生计划就那么多，按比例划线，人少自然线就低。
2. 理科卷子可能比较难：很多考生吐槽理科题难，但官方没明确说，只说了分数线高低看“考生的考试成绩”。
3. 文理热度波动大：那两年文科考生涨得厉害，分数线跟着涨。2010年还出现过文科一本线比理科还低1分的情况，纯看当年报的人多人少。
给后来人的硬核干货（针对标题关键词）：
分数线汇总：2013年上海高考，理科一本405分，二本331分；文科一本448分，二本403分。艺术/体育本科线是按二本线打折算的：艺术类文科262分（403的65%），理科215分（331的65%）；体育类文科282分（403的70%），理科232分（331的70%）。
降了还是涨了（跟2012年比）：文科二本涨了24分，理科二本降了11分。总体是“文涨理跌”。
预估分数（规律）：别瞎猜。官方说了，分数线高低看三个东西——招生计划数、报考人数、考生的考试成绩（平均分和分数分布）。每年这仨因素都在变，所以线每年都不一样。最直接的预判方法就是看今年你们这届模拟考的大概排位和招生计划增减，比瞎猜去年分数线靠谱。
区别/对比/含金量：别因为某年“理低文高”就投机去选理科。分数线每年波动很大，2010年文科一本就比理科低。选文理科只看一点：你擅长啥、对啥感兴趣。为了“好上线”选不喜欢的科，学得痛苦，大学专业也受限，得不偿失。