1. 学校性质不同
湖北中医药大学本部是公办本科院校，归湖北省人民和国家中医药管理局共建。职业技术学院（湖北中医药高等专科学校）是专科院校。
2. 办学层次不同
本部：本科、硕士、博士生教育都办。专科学校：主要是专科层次教育。
3. 录取分数线不同
本部在湖北的本科录取分数线较高。2024年湖北历史类普通本科批最低510分，物理类普通本科批最低523分。专科学校的录取分数线通常会低很多。
4. 不同
本部毕业拿本科或更高学位文凭。专科学校毕业拿专科文凭。
5. 学校地址不同
本部两个校区：昙华林校区（武昌区昙华林188号）和黄家湖校区（洪山区黄家湖西路16号）。专科学校在荆州：荆州区学苑路87号(南校区)和人民路4号(城中校区)。
6. 机构设置不同
本部设有中医学院、第一临床学院、药学院等14个学院。专科学校设有中医学院、临床医学院、护理学院等教学单位。
简单说就是：
本部是本科大学，分数高、文凭是本科或以上，在武汉。
职业技术学院是专科学校，分数要求低、文凭是专科，在荆州。